給与支払報告書をeLTAXで提出する手順｜30枚基準への引下げ、源泉徴収票のみなし提出、税額通知の電子受取

年末調整が終わると、従業員の住所地の市区町村ごとに給与支払報告書をそろえて郵送する作業が待っています。従業員の住所が多くの市区町村に分かれていると、それだけで数日かかることもあります。

令和9年1月に提出する令和8年分から、給与支払報告書の電子提出義務の基準が下がり、税務署への源泉徴収票の提出もなくなります。この記事では、地方税の電子手続の仕組みである**eLTAX（エルタックス）**で給与支払報告書を出すまでの準備と、提出後に届く特別徴収税額通知の受け取り方を整理します。

令和9年1月から変わる2つのこと

電子提出義務の基準が30枚以上に

国税庁の提出義務基準の案内によると、令和9年1月1日以後に提出する法定調書は、種類ごとに前々年（基準年）に提出すべきだった枚数が30枚以上であれば、e-Tax・クラウド等・光ディスク等での提出が必要です（令和8年12月31日までは100枚以上）。

市区町村に出す給与支払報告書も同じ基準です。長野市の案内は、令和9年1月1日以降は「30枚以上」に基準が引き下げられるとして、eLTAX等での提出の準備を呼びかけています。板橋区の案内でも、基準年の源泉徴収票の提出枚数が30枚以上の場合はeLTAXまたは光ディスク等での提出が義務とされています。判断に使うのは従業員数ではなく、基準年に税務署へ提出すべきだった源泉徴収票の枚数です。

源泉徴収票の「みなし提出」

国税庁のみなし提出の特例の特設ページによると、令和9年1月1日以後に市区町村へ給与支払報告書を提出すると、税務署に給与所得の源泉徴収票を提出したものとみなされます。税務署に出す分の源泉徴収票を作る必要がなくなります。

源泉徴収票と給与支払報告書を一度に作って出せた「eLTAXでの電子的提出の一元化機能」は令和8年9月で終了したと、同じ特設ページに書かれています。法定調書合計表の書き方は法定調書合計表と支払調書の作り方を参照してください。

eLTAXで提出するまでの準備

ステップ1　利用届出をする

中野区の案内のとおり、まずいずれか1つの市区町村に対してeLTAXの利用届出を行います。どの市区町村に出しても、承認されればほかの市区町村への提出にも使えます。

ステップ2　送信に使うソフトを決める

送信には、無料のeLTAX対応ソフト（PCdesk）か、eLTAXに対応した市販の給与・税務ソフトを使います（中野区の案内）。選ぶときは次の点を確かめます。

ステップ3　総括表と個人別明細を作って送る

eLTAXでは、複数の市区町村への提出を1回でまとめて行えます（中野区）。総括表で納入書の要否も選べます。

令和8年分の提出期限は、1月31日が日曜日のため**令和9年2月1日（月）**です（板橋区）。年末調整の進め方は2026年（令和8年分）年末調整の変更点とスケジュールを確認してください。

提出後に誤りが見つかったときは、正しい提出区分を選んで、該当する人の分だけを出し直します。新規の区分で出し直すと、正しく審査されないおそれがあると中野区は案内しています。

特別徴収税額通知を電子で受け取る

eLTAXで給与支払報告書を出すと、市区町村から届く特別徴収税額通知を電子データで受け取れます。横浜市の案内に沿って条件をまとめます。

納税義務者用を電子にすると、従業員一人ひとりにデータを配る作業が会社に残ります。給与明細のシステムで配れるか、メールで送るなら誤送信をどう防ぐかを決めてから選びましょう。受け取った税額通知を使った毎月の天引きは住民税の特別徴収の実務で解説しています。

初めてeLTAXで出すときのスケジュール例

初回は、利用届出の承認やソフトの設定に時間がかかります。年末調整と重ならないよう、次のように前倒しで進めます。

退職者の分も、提出先の市区町村や提出の要否を確認しておきます。住所が確定しない従業員がいると全体の提出が遅れるため、12月のうちに住所変更の届出を呼びかけておくと安心です。

まとめ

• 令和9年1月提出分から、前々年の源泉徴収票が30枚以上ならeLTAX等での提出が義務。令和8年分の期限は令和9年2月1日（月）
• 市区町村に給与支払報告書を出せば、税務署への源泉徴収票の提出は不要になる。従業員への交付は続く
• 利用届出は1つの市区町村に出せばよい。ソフトは受給者番号の出力と訂正の出し分けができるかを確認する
• 税額通知の電子受取にはメールアドレスと受給者番号が必要。従業員への配付方法も先に決めておく

自治体によって案内の細部が異なることがあります。提出前に、主な提出先の市区町村の案内も確認してください。